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被無法與人類溝通的異生物·奇居子破壞的太陽系，只剩下一小部分的人類尚存活。他們為了生存製作瞭如同小行星本巨大的宇宙播種船希德尼婭，並在宇宙中進行旅行。 經過了1000年後，時值希德尼婭出航紀元1009年，由地下層部培育的少年穀風長道自祖父死後而來到上層市區。併入學巨大人型兵器「衛人」的操控師訓練學校，這也是穀風長道首次與外界人接觸。 令穀風長道首次抱有異性意識的女性是——星白閒。 穀風長道首次的友人是無性別的科戸瀨伊佐奈。 令穀風長道意識到挫折的少年是——岐神海苔夫。 在和各式各樣的訓練師一同度過校園生活的穀風長道，獲得了首次的任務。雖然不是非常艱難的任務，但在穀風長道和隊友們面前，突然出現了奇居子！遭遇沉寂了100年後的突襲，作為人類的穀風長道將如何抉擇？ 關乎人類存亡的戰鬥現在開始了！……